（一）DNA的凝膠電泳：凝膠電泳是分子克隆的中心技術(shù)之一。
瓊脂糖凝膠用于分離大于200～1000bp的片段;操作簡(jiǎn)單、快速，且分離范圍廣，分辨率高。
2.聚丙烯酰胺凝膠用于分離5－500bp的片段; 效果好、分辨率*，相差1bp的DNA/片斷就能分開(kāi)，能容納相對(duì)大量的DNA ，用于核苷酸多態(tài)性的分析。
瓊脂糖凝膠電泳的基本過(guò)程
材料：電泳緩沖液（常用TAE或TBE）、電泳級(jí)瓊脂糖、溴化乙錠溶液（核酸顯示劑）、加樣緩沖液（保證核酸不在加樣孔中擴(kuò)散和用于電泳時(shí)間的指示系統(tǒng)）、水平凝膠電泳裝置及制膠系統(tǒng)、直流電源系統(tǒng)。
基本過(guò)程：制膠→放入電泳槽中并加入電泳緩沖液→取出梳子→將適量的核酸樣品和上樣緩沖液混合并上樣于加樣孔中→一定電壓條件下電泳→合適的時(shí)間后停止電泳→取出凝膠進(jìn)行溴化乙錠染色→凝膠成像系統(tǒng)紫外燈下觀察并照相保存結(jié)果
注意：溴化乙錠具有致癌性，操作時(shí)要帶手套；不同濃度瓊脂糖的凝膠分離范圍；影響DNA在凝膠中遷移速率的因素：1、DNA分子的大??；2、構(gòu)象；3、凝膠濃度；4、電壓；5、緩沖液
特殊的凝膠電泳
1、倒轉(zhuǎn)電場(chǎng)凝膠電泳（FIGE）：用于分離分子量10～2000kb的DNA分子；
2、鉗位均勻電場(chǎng)電泳（CHEF電泳）：可分離大于107bp的DNA分子。
（二）RNA 電 泳
基本過(guò)程同DNA電泳一樣，但應(yīng)明確一點(diǎn)的是，因?yàn)镽NA分子對(duì)RNA酶的作用非常敏感，因此必須用對(duì)RNA酶有抑制作用DEPC水來(lái)配置所有溶液，所有與RNA接觸的儀器和裝置都要嚴(yán)格處理以盡量減少RNA酶對(duì)樣品的降解；另外，因?yàn)镽NA分子有二、三級(jí)結(jié)構(gòu)可以影響其電泳結(jié)果，因此電泳時(shí)應(yīng)在變性劑存在下進(jìn)行，常用的變性劑為甲醛和戊二醛。
