緩沖液在電泳過程中的一個作用是維持合適的pH。電泳時正極與負極都會發(fā)生電解反應(yīng)，正極發(fā)生的是氧化反應(yīng)（4OH--4e->2H2O+O2)，負極發(fā)生的是還原反應(yīng)（4H++4e->2H2)，長時間的電泳將使正極變酸，負極變堿。一個好的緩沖系統(tǒng)應(yīng)有較強的緩沖能力，是溶液兩極的pH保持基本不變。

電泳緩沖液的另一個作用是使溶液具有一定的導(dǎo)電性，以利于DNA分子的遷移，例如，一般電泳緩沖液中應(yīng)含有0.01-0.04mol/L的Na+離子，Na+離子的濃度太低時電泳速度變慢；太高時就會造成過大的電流使膠發(fā)熱甚至熔化。

電泳緩沖液還有一個組分是EDTA，加入濃度為1-2mmol/L，目的是螯合Mg2+ 等離子，防止電泳時激活 DNA酶，此外還可防止Mg2+離子與核酸生成沉淀。

TAE是使用最guang泛的緩沖系統(tǒng)。其特點是超螺旋在其中電泳時更符合實際相對分子質(zhì)量（TBE中電泳時測出的相對分子質(zhì)量會大于實際分子質(zhì)量），且雙鏈線狀DNA在其中的遷移率較其他兩種緩沖液快約10%，電泳大于13kb的片段時用TAE緩沖液將取得更好的分離效果，此外，回收DNA片段時也易用TAE緩沖系統(tǒng)進行電泳。TAE的缺點是緩沖容量小，長時間電泳（如過夜）不可選用，除非有循環(huán)裝置使兩極的緩沖液得到交換。

TBE的特點是緩沖能力強，長時間電泳時可選用TBE，并且當(dāng)用于電泳小于1kb的片段時分離效果更好。TBE用于瓊脂糖凝膠時易造成高電滲作用，并且因與瓊脂糖相互作用生成非共價結(jié)合的四羥基硼酸鹽復(fù)合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收電泳中使用。

TPE的緩沖能力也較強，但由于磷酸鹽易在乙醇沉淀過程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的電泳中使用。