自然界不同物種或個(gè)體之間的基因轉(zhuǎn)移和重組是經(jīng)常發(fā)生的,它是基因變異和物種進(jìn)化的基礎(chǔ)。自然界的基因轉(zhuǎn)移的方式有：

　　接合作用：當(dāng)細(xì)胞與細(xì)胞、或細(xì)菌通過(guò)菌毛相互接觸時(shí),質(zhì)粒DNA就可從一個(gè)細(xì)胞（細(xì)菌）轉(zhuǎn)移至另一細(xì)胞(細(xì)菌）,這種類(lèi)型的DNA轉(zhuǎn)移稱(chēng)為接合作用（conjugation ）。

　　轉(zhuǎn)化作用（transformation) 通過(guò)自動(dòng)獲取或人為地供給外源DNA,使細(xì)胞或培養(yǎng)的受體細(xì)胞獲得新的遺傳表型。

　　轉(zhuǎn)導(dǎo)作用：當(dāng)病毒從被感染的（供體）細(xì)胞釋放出來(lái)、再次感染另一（受體）細(xì)胞時(shí),發(fā)生在供體細(xì)胞與受體細(xì)胞之間的DNA轉(zhuǎn)移及基因重組即為轉(zhuǎn)導(dǎo)作用（transduction）。

　　轉(zhuǎn)座：大多數(shù)基因在基因組內(nèi)的位置是固定的,但有些基因可以從一個(gè)位置移動(dòng)到另一位置。這些可移動(dòng)的DNA 序列包括插入序列和轉(zhuǎn)座子。由插人序列和轉(zhuǎn)座子介導(dǎo)的基因移位或重排稱(chēng)為轉(zhuǎn)座（transposition ）。

　　基因重組：在接合、轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)或轉(zhuǎn)座過(guò)程中,不同DNA分子間發(fā)生的共價(jià)連接稱(chēng)基因重組。基因重組包括位點(diǎn)特異性的重組和同源重組兩種類(lèi)型。有整合酶催化的在兩個(gè)DNA序列特異位點(diǎn)間發(fā)生的整合,產(chǎn)生位點(diǎn)特異的重組。特異重組依賴(lài)特異的DNA序列,如λ噬菌體的整和酶可識(shí)別噬菌體DNA和宿主染色體的特異靶位點(diǎn),并進(jìn)行選擇性整合；反轉(zhuǎn)錄病毒整合酶識(shí)別整合反轉(zhuǎn)錄病毒cDNA的長(zhǎng)末端重復(fù)序列等。另外有發(fā)生在同源序列間的同源重組,又稱(chēng)基本重組。同源重組依賴(lài)兩分子間序列的相同或相似性,將外源DNA整合進(jìn)宿主染色體。